1、高速冷冻离心机人为引起的故障这类故障是由于操作不当引起的，—般多由操作人员对使用程序不熟练或不注意所造成的。故障轻者导致仪器不能正常工作，重者可能损坏仪器。因此在操作使用前，台式低速大容量冷冻离心机毛细管等速电泳必须仔细阅读仪器使用说明书，掌握正确的使用操作步骤,才能减少这类故障的发生。
2、外因所致的故障这类故障是由仪器设备的使用环境条件不符合要求引起的，常常是造成仪器故障的主要原因。一般指的是电压、温度、湿度、电场、磁场及振动等。 
3、仪器设备质量缺陷引起的故障这类故障是由仪器元件质量不好、设计不合理、装配工艺上疏忽造成的故障。 
高速冷冻离心机仪器的故障分为必然性故障和偶然性故障。必然性故障是各种元器件、零部件经长期使用后，性能和结构发生老化，导致仪器无法进行正常的工作;偶然性故障是指各种元器件、结构等因受外界条件的影响，出现突发性质变，使仪器不能进行正常的工作。